freee導入ガイド｜契約から運用・決算まで4フェーズで解説

freeeは複数の製品が連携する設計になっています。本ガイドでは中核となるfreee会計を軸に、関連の深いfreee請求書（請求書発行・入金管理）とfreee人事労務（給与計算・社会保険）を扱います。そのほか「freee経費精算」「freee販売」「freeeカード Unlimited」などもありますが、まずは会計を軸に必要に応じて拡張する流れが基本です。

freee会計は「個人事業主版」と「法人版」が別契約です。個人事業主は個人版、株式会社・合同会社は法人版を選びます。個人事業主から法人成りした場合は、データを引き継いで法人版に移行する必要があります（残高の手動入力が発生）。
個人版：青色申告決算書・確定申告書B作成、消費税申告。
法人版：法人決算書一式、勘定科目体系が法人向け、消費税申告、給与計算連携。

プランは「使いたい機能」と「年商規模」で選びます（料金は2026年5月時点の目安、変動あり）。
個人版：スターター（年11,760円〜）／スタンダード（年23,760円〜）／プレミアム（年39,800円〜）／入力おまかせ。注意：スターターは「白色申告のみ」で、青色申告（65万円控除）や消費税申告には未対応。青色申告で起業する個人事業主はスタンダード以上が必須です。
法人版（2024年7月リニューアル）：ひとり法人／スターター（年65,760円）／スタンダード（年107,760円）／アドバンス（年477,360円）／エンタープライズ（個別見積）。一人会社はひとり法人、一般的な中小企業はスターター〜スタンダードが中心。年商・利用人数・部門別管理の要否で変わるため、迷ったら無料お試し中に営業相談するのが確実です。

freeeは30日間の無料お試しが利用可能です。本契約前にこの期間を使って、事業所情報の登録・口座連携・取引登録の操作感を必ず試しましょう。実際に使うメインバンクとの同期可否を確認することが特に重要です。

事業所名・住所・代表者名・会計期間（決算月）を登録します。法人の場合、決算月は登記事項と一致させる必要があります。個人事業主は1月〜12月で固定。一度設定すると変更時に過去データへの影響が出るため慎重に。

freeeはデフォルトで標準的な勘定科目が用意されています。最初はデフォルトのまま使い始めるのが推奨。事業内容に応じて必要があれば「補助科目」や「タグ」で細分化していくほうが、整理が破綻しません。個人版と法人版で勘定科目体系（資本金・役員報酬・繰越利益剰余金など）が異なります。

freee運用開始日時点の各勘定科目の残高を入力します。
・新規開業の場合：自己資金を「事業主借（個人）」または「資本金（法人）」として入力するシンプルなパターン。
・既存事業からの切替の場合：前期末（または期首）の試算表をもとに、現金・預金・売掛金・買掛金・固定資産・借入金などの残高を一括入力。ここを正確にやらないと貸借が合わなくなるため、税理士に相談するか、freeeのインポート機能を活用するのが安全です。

自社の消費税ステータスを設定します。
・免税事業者：消費税の申告不要（基準期間売上1,000万円以下が原則）。
・原則課税：売上の消費税 − 仕入の消費税で納税額計算。
・簡易課税：売上のみから業種別みなし仕入率で計算（売上5,000万円以下が条件）。
・2割特例：免税事業者がインボイス登録した場合の経過措置。売上消費税の20%を納税。適用期間は「2026年9月30日を含む課税期間」までで、個人事業主は2026年分（2026年12月31日まで）が最後、法人は「2026年9月30日を含む決算期」までです。
・3割特例（新設）：2割特例の終了後、個人事業主のみを対象に3割特例が新設される予定（売上消費税の30%を納税）。
設定を誤ると申告書の金額が大きくずれるため、自社の状況を必ず確認してください。

freeeはメインバンク・事業用クレジットカード等と自動連携します。設定すると取引明細が毎日自動で取り込まれ、手入力ゼロに近づきます。
・必ず事業専用の口座・カードを連携。プライベートと混在させると仕訳が混乱します。
・連携できる金融機関はメガバンク・地銀・ネット銀行ほぼ網羅。連携元の認証情報の更新管理も忘れずに。

領収書・請求書をスキャンまたは画像アップロードし、取引と紐付けて保存できる機能です。電子帳簿保存法対応として、2024年1月以降は電子取引データ（メール添付PDF・ECサイトの領収書等）の電子保存が義務化されています。紙の領収書も含めてfreeeにアップロードする運用にしておけば、税務調査時の対応もスムーズになります。

「Amazon → 消耗品費」「楽天モバイル → 通信費」のような取引相手 × 勘定科目のルールをfreeeに学習させると、それ以降の同じ取引は自動で仕訳候補が表示されます。最初の1〜2ヶ月で頻出取引のルール化を集中的に行うと、以降の記帳工数が大幅に減ります。

月初に必ず前月分の取引登録を完了 → 試算表・月次推移表を確認するルーチンを作りましょう。「売上は計画通りか」「異常な経費はないか」「現預金は足りているか」を月次で押さえることが、決算時の慌てを防ぎます。経営判断にも直結します。

見積書 → 納品書 → 請求書 → 入金消込までを一気通貫で管理できる製品です。インボイス（適格請求書）対応の請求書発行が標準機能で、自社の登録番号・税率別記載などの法定要件を満たした書式が利用可能。発行した請求書はfreee会計に自動連携され、売掛金として計上されます。

給与計算・社会保険・労働保険・年末調整までを一括管理。月次の給与計算結果がfreee会計に自動仕訳連携されるため、給与関連の二重入力が不要になります。法人で役員報酬が発生する場合や、従業員を雇用した場合に導入を検討する製品です。

単月の損益だけでなく、月次推移表で「売上の季節変動」「経費の異常値」を可視化することが経営判断の基本です。事業部やプロジェクトごとに損益を分けたい場合は部門別管理を設定し、freeeの「タグ」「部門」機能を活用します（プランによっては上位プランが必要）。

個人：青色申告決算書 + 確定申告書B をfreeeで作成 →e-Tax電子申告（または優良な電子帳簿の保存）で最大65万円控除。なお、freee個人版のスターターは青色申告非対応のため、65万円控除を狙う場合はスタンダード以上のプランが必要です。
法人：freee会計で決算書一式（貸借対照表・損益計算書・販管費明細・株主資本等変動計算書）を作成。ただし法人税申告書はfreee会計だけでは作成不可のため、freee申告（オプション製品）を併用するか、税理士に申告書作成を依頼するのが一般的です。地方税（法人住民税・事業税）の申告も同様です。