令和8年度インボイス制度改正のポイント｜2割特例終了・3割特例新設を解説

「2割特例が終わるって聞いたけれど、来年からどうなるの？」「3割特例って何？うちも使えるの？」

令和8年度税制改正（2025年12月閣議決定／2026年3月成立）で、インボイス制度の経過措置が大きく組み替えられました。2割特例の終了、個人事業主限定の3割特例の新設、免税事業者からの仕入控除の段階的縮小──このあたりを正しく押さえておかないと、来年以降の消費税負担が想定外に増える可能性があります。

この記事では、改正の全体像と、自社・自分への影響、そして今日からできる行動を整理します。

まず結論：押さえるべきは3つだけ

複雑に見える今回の改正ですが、要点は次の3つです。

2割特例は2026年9月30日を含む課税期間で終了（個人・法人とも）
個人事業主限定の「3割特例」が令和9年・10年分の2年間だけ使える（法人は不可）
免税事業者からの仕入控除は2026年10月から「8割→7割→5割→3割→0」と段階的に縮小（当初2029年9月終了予定が、2031年9月まで2年延長＋細分化された）

法人の方にとっては、来期から「クッションなし」で原則課税か簡易課税に着地することになります。個人事業主の方は2年だけ猶予がもらえる、というイメージです。

なぜこの改正が重要なのか

インボイス制度は、消費税のしくみを「仕入で払った消費税を、売上で預かった消費税から差し引いて納める」というルールで動かす制度です。これまでの3年間は、免税事業者から課税事業者になった小規模事業者のショックを和らげるため、2割特例という大きな救済措置が用意されていました。

ここで一つ、たとえ話を挟みます。

消費税の特例は、自転車の補助輪のようなものです。最初の3年は両側に補助輪（2割特例）を付けて走り、転ばないようにしてもらえました。今回の改正は「片側だけ補助輪を残す（個人事業主の3割特例）」「補助輪なしで走る（法人）」というルール変更にあたります。補助輪が外れる時期と外れ方を知っておかないと、急にバランスを崩して転んでしまいます。

だからこそ、来期の予算・資金繰りを考える今のタイミングで、自社がどのコースに乗るのかを確認しておく必要があるのです。

改正の中身を一つずつ整理

1. 2割特例：2026年9月で終了

2割特例は、インボイス登録を機に免税事業者から課税事業者になった方が、納税額を「売上消費税の2割」で済ませられる制度でした。

今回の改正で、当初の予定どおり令和8年（2026年）9月30日を含む課税期間をもって終了することが確定しました。

具体的には次のようになります。

事業者区分	2割特例が使える最後の期
個人事業主（暦年）	令和8年分（2026年1月〜12月）
3月決算法人	2027年3月期
12月決算法人	2026年12月期
9月決算法人	2026年9月期

「9月で終わり」と覚えるのではなく、2026年9月30日を含む課税期間までと理解するのが正しいです。

2. 3割特例：個人事業主限定で新設（令和9・10年分）

2割特例の終了後、個人事業主に限り、新たに「3割特例」が用意されます。

項目	内容
対象	インボイス登録を機に免税事業者から課税事業者になった個人事業主（もとから課税事業者だった方は対象外）
要件	基準期間の課税売上高が1,000万円以下
計算	納付税額＝売上消費税×30%
期間	令和9年分・令和10年分の2年間
届出	不要（申告書に適用する旨を付記）
法人	適用不可

例えば年間売上550万円（売上消費税50万円）のフリーランスの方であれば、3割特例での納税額は15万円（※標準税率10%・全部課税売上の前提）。2割特例時代の10万円より5万円増えますが、原則課税や簡易課税より軽くなるケースが多いはずです。

なお、もともと売上1,000万円超で課税事業者だった方や、インボイスとは関係なく自主的に課税事業者を選択していた方は、この3割特例の対象外です。「免税から課税に上がった個人だけが使える、片側の補助輪」とイメージしてください。

3. 免税事業者からの仕入控除：段階的に縮小

免税事業者（インボイス未登録）から仕入をしたとき、その仕入消費税の一部を控除できる経過措置も、見直し＋延長されました。

期間	控除割合
〜2026年9月	80%
2026年10月〜2028年9月	70%
2028年10月〜2030年9月	50%
2030年10月〜2031年9月	30%
2031年10月〜	0%（控除不可）

ポイントは2つ。

当初は2029年9月で打ち切り予定でしたが、2年延長された上で段階的に縮小される形に変わりました
同一の免税事業者からの仕入が年間1億円を超える部分は、この経過措置の対象外（控除不可）。従来は10億円基準でしたが、令和8年10月から1億円に大幅に引き下げられます。外注比率の高い中堅企業ほど、早めの取引棚卸しが必要です。

中堅企業以上で特定の外注先への支払が大きい場合は、この1億円ラインに注意が必要です。これまで「うちは10億円基準だから関係ない」と思っていた企業も、一気に当事者になり得ます。

4. 少額特例：継続（2029年9月末まで）

1万円未満の課税仕入れについて、インボイスがなくても帳簿の記載だけで仕入税額控除が認められる少額特例は、当初の予定どおり令和11年（2029年）9月30日まで継続します。

対象は基準期間の課税売上高1億円以下（または特定期間5,000万円以下）の事業者です。経費精算の事務負担を大きく減らしてくれるので、継続は朗報です。

5. 簡易課税の「後出し」が緩和

地味ながら実務で効くのが、簡易課税選択届の取り扱い変更です。

これまでは「使いたい課税期間が始まる前日まで」に届出が必要でしたが、前期に2割特例または3割特例を使っていた事業者については、その翌期について、申告期限までに簡易課税選択届出書を提出すれば、当期から簡易課税を適用できるように緩和されました。

つまり、2割特例の最終期（2026年9月30日を含む課税期間）の翌期、または3割特例を適用した令和9年・令和10年分の翌期について、申告書を作りながら「やっぱり簡易課税のほうが有利だった」と判断して切り替えられる、ということです。慌てて期首までに決断しなくてよくなったのは大きな改善です。

自社・自分への影響：4タイプで考える

ここまでを踏まえ、読者の状況別に「どうなるか」を整理します。

あなたのタイプ	2026年10月以降の選択肢
個人事業主（売上1,000万円以下・免税から課税になった方）	①3割特例（令和9・10年）→ その後は簡易か原則を選択／ ②最初から簡易課税
個人事業主（売上1,000万円超 or もとから課税）	3割特例は使えない。簡易課税（売上5,000万円以下）か原則課税
小規模法人（売上1,000万円以下）	3割特例なし。簡易課税か原則課税を直接選ぶ
中堅企業（売上5,000万円超）	原則課税。免税事業者からの仕入の控除縮小＋1億円基準への引下げに注意

法人の場合、2割特例終了の翌期からいきなり本来の計算に戻ります。「あと1年だけ猶予がある」という油断は禁物です。

注意点・よくある誤解

誤解1：「3割特例は法人でも使える」

使えません。3割特例は個人事業主限定、しかもインボイス登録を機に免税から課税になった方限定です。法人は2割特例終了後、原則課税か簡易課税の二択になります。

誤解2：「少額特例は永続する」

しません。2029年9月末までの時限措置です。それ以降は1円の経費もインボイス（または法定書類）の保存が必要になります。長期の業務フロー設計では「2029年10月以降」を意識してください。

誤解3：「免税事業者との取引はやめるべき」

そこまで単純ではありません。控除できない部分は手数料・外注費が実質増えるだけで、取引先との関係・品質・代替可能性を踏まえて総合判断すべきです。「免税だから切る」ではなく「価格交渉・契約見直し・税負担分担」といった現実的な落としどころを探るのが、長期的には得策です。

誤解4：「高額資産を買っても特例は使える」

1,000万円以上の棚卸資産または固定資産を購入すると、その期から3年間は本則課税が強制され、2割・3割特例も簡易課税も使えなくなります。設備投資・在庫積み増しの計画があるなら、税理士に必ず相談してください。

まとめ：今日からできる3つの行動

ここまでを踏まえ、明日からの行動を3つに絞ります。

自社の「2割特例ラスト期」をカレンダーに書く 3月決算なら2027年3月期、12月決算なら2026年12月期、個人事業主なら令和8年分。これが「補助輪が外れる日」です。
翌期の計算方式（簡易課税／原則課税／3割特例）をシミュレーションする 売上構成（業種ごとのみなし仕入率）と仕入実績を使えば、どちらが有利かは数字で出ます。決断は申告期限まで待てるようになりましたが、検討は早いほど安心です。
免税事業者との取引リストを作成し、控除縮小の影響額を試算する 70%→50%→30%と縮小していく中で、毎年いくら控除が減るのかを把握しておきましょう。中堅企業の場合は、1億円基準（旧10億円）に該当する取引先がいないかも併せてチェックしてください。

消費税の特例選びは、業種・売上規模・仕入構造・今後の投資計画によって最適解が変わります。「うちはどのコースに乗るのが一番得か」を具体的に試算したい方は、長谷川公認会計士事務所までお気軽にご相談ください。申告期限ギリギリではなく、来期の予算を組む今のタイミングでの見直しが、一番効果が出ます。

なお、インボイス登録自体をまだ迷っている方は、インボイス登録判断ガイドもあわせてご覧ください。