輸入取引における仕入税額控除の仕組みと実務ポイント

部材調達やネットショップ運営など、中小企業でも輸入取引を行うケースは増えています。

輸入時には税関で消費税を納付しますが、これを正しく仕入税額控除に取り込むには、国内取引とは違う書類とfreeeの税区分設定が必要です。

この記事では、輸入取引の消費税の仕組みと実務ポイントを整理します。

記事の要約

海外の取引先から商品を購入し、日本国内に持ち込む取引を指します。中小企業でも、部材の調達やネットショップ運営などで輸入を行うケースは増えています。

輸入の際には、税関で関税と消費税（輸入消費税）を納めます。この消費税は、国内での仕入れ時に支払う消費税と同様、一定の条件を満たせば後日「仕入税額控除」として控除できます。

国内取引では、仕入先から交付される「適格請求書（インボイス）」を基に仕入税額控除を行いますが、輸入取引では相手は海外業者のためインボイス制度の対象外です。

その代わり、税関での輸入許可通知書や納税証明書が、仕入税額控除の根拠となります。

消費税は「売上にかかる消費税」から「仕入れにかかる消費税」を差し引いて計算します。輸入の場合、税関で納付した消費税は「仕入れにかかる消費税」として控除できます。

例：

2023年10月から始まったインボイス制度では、仕入先から交付される適格請求書が必須となりました。しかし、輸入取引は「税関での申告が根拠」となるため、インボイス番号等の取得は不要です。

勘定科目	税区分	金額
輸入仕入高	課対輸本	×××

※ 海外取引のため「課対輸本」を選択します。

通関業者からの請求書、税関からの輸入許可通知書をもとに仕訳します。

ポイント：

輸入消費税を控除するには、税関での証憑を保存しておくことが条件です。万一紛失すると、仕入税額控除が認められません。

保存すべき主な書類

売上高1,000万円以下で免税事業者の場合、そもそも消費税を納める義務がないため、仕入税額控除もありません。輸入時には消費税を払うことになりますが、還付は受けられない点に注意してください。

「輸入許可通知書と帳簿の金額が一致していない」「書類が保存されていない」といった点が指摘されやすいので、定期的な確認が必要です。

Q1. インボイス番号がないと控除できない？ A1. 輸入取引の場合は、インボイス番号は不要です。税関での納付を示す書類があれば控除可能です。

Q2. 個人輸入でも控除できる？ A2. 事業用として仕入れたものであれば可能です。プライベートな購入は対象外です。

Q3. 関税は控除できる？ A3. 関税は消費税ではないため、仕入税額控除の対象にはなりません。費用として計上します。

Q4. 還付申告はできる？ A4. 課税売上よりも課税仕入れが多い場合、輸入消費税を含めて還付申告が可能です。特に輸出業者などでは還付を受けるケースが多くあります。